Medicinski fakultet osnovan je 1944. godine, kao prvi fakultet u BiH, a kontinuitet rada je uspostavljen 1946. godine. Fakultet je sve do 1993. godine imao sjedište u Sarajevu.

Stvarni početak nastavnog rada na fakultetu u Foči je 15.10.1993.godine kada su primljeni prvi studenti na školovanje i otpočela prva školska godina 1993/94 sa šezdeset (60) upisanih studenata.

Uporedo sa ovim aktivnostima donesen je nastavni plan i program, izvršen izbor prvih nastavnika i saradnika i imenovan je vršilac dužnosti dekana, pripremljen Statut i izvršen izbor prvog Savjeta fakulteta.

Od akademske 1993/94 godine, na osnovne studije upisano je 966 studenata i do akademske 2007/08 diplomiralo je 135 studenta sa prosječnom ocjenom 7,87. Od toga 41 student je završio u roku sa prosječnom ocjenom 8,24. Od 1993. godine Medicinski fakultet je upisalo 1052 studenata, a trenutno ih na sva tri studijska programa studira 531 student.

Počevši od školske 2000/01 godine na postdiplomske magistarske studije upisano je 104 studenata. Magistarsku tezu odbranilo 9 magistranta, od čega 8 zaposlenih na Univerzitetu ili nastavnoj bazi Medicinskog fakulteta.Doktorsku disertaciju odbranilo 13 doktoranata od čega je 6 zaposleno na Univerzitetu ili nastavnoj bazi Medicinskog fakulteta.

Na specijalističke studije, iz različitih grana medicine, na Medicinski fakultet u Foči su od 2002. godine upisana 104 specijalizanta, a specijalistički ispit je položilo 20 kandidata.

Do današnjeg dana, 28% studenata Medicinskog fakulteta ima prosječnu ocjenu veću od 8.0.

Stipendiju Predsjednika Republike dobilo je 22 studenta Medicinskog fakulteta.